Действие совершенно новой части Assassin’s Creed переносит нас в конец 18 века в Северную Америку, где идет кровопролитная война между континентальной армией Джорджа Вашингтона и невероятной по численности армией Британии.
Новый герой серии является одновременно коренным американцем и британцем по происхождению и носит имя Ратонхакетон, но среди обычных людей зовется Коннором. Именно Коннор станет новым инструментом древней войны между Ассасинами и орденом Тамплиеров.
Патрис Дезиле, художественный руководитель проекта, сообщил, что по сюжету игры главный протагонист Дезмонд Майлз будет разыскивать храмы, построенные на Земле предыдущей цивилизацией, пытаясь предотвратить конец света в 2012 году. Assassin’s Creed III, как финальная часть трилогии, должна завершать рассказ о приключениях Дезмонда. Действие в исторический период игры переносится в Америку времен войны за независимость и охватит период с 1753 по 1783 годы, где главным героем станет индеец-полукровка Коннор Кенуэй, чьё родное имя Радунхагейду. По игре родную деревню Коннора уничтожат. Но он не будет мстителем, как Эцио. Он станет бороться за свободу и справедливость Нововведения.