Согласно истории игры, в 2015 году по местному календарю, Гейминдастри вошла в сезонную фазу под названием «Период смены CPU». В это время наблюдается всплеск социального недовольства и расползаются различные слухи о правящих CPU, с целью очернить их. Нептуна сотоварищи обеспокоены тем, что люди захотят избрать себе новых CPU-богинь. Ведь так не хочется терять уже насиженное и тёплое местечко всемирных идолов. Но в самый разгар событий, столь важных для Гейминдастри, Нептуна и её младшая сестра, Непгир, пропадают. Они оказываются в ином измерении, мир которого приближается к своему катастрофическому концу. Там они встречают последнюю CPU-богиню этого измерения, Удзумэ Теннобоси, ведущую безнадёжное сражение против колоссальной злой силы — Тёмного CPU. Нептуне и Непгир предстоит присоединиться к Удзумэ и помочь девушке справиться со злом. И спасти мир, причём не один...