Несмотря на все заслуги Джека и Декстера, которые спасли Пристанище от меднолобых, Верховный Совет изгнал Джека в пустыню, Пекер и Декстер решили последовать за ним. Тем временем в городе началась война, воспользовавшись которой, Пристанище атаковали уцелевшие меднолобые. Под вашим управлением героям предстоит преодолеть все опасности Пустыни и вернуться, чтобы помочь бывшим союзникам.
Игра включает в себя огромное количество заданий, мини-игр и головоломок. По ходу игры вы будете управлять как Джеком, так и Декстером. Для передвижения по пустыне предусмотрено множество транспортных средств; некоторые из них даже оснащены пулеметами. Самая главная сила Джека - умение пользоваться светлой и темной энергиями. Не злоупотребляйте темной энергией - последствия ее использования могут быть непредсказуемы! Вашим героям доступны все виды оружия из игры Jak II. Предусмотрена возможность их дальнейшего усовершенствования. В ходе последних событий внешний вид Пристанища сильно изменился: возможно, вы даже не узнаете знакомых мест… Новые графические технологии делают игру невероятно яркой и зрелищной. Игру сопровождают красочные видеоролики, общая продолжительность которых составляет более 60 минут.